Trường mầm non Hoa Sen được thành lập tháng 8 năm 1994 có tên đầu tiên là trường Mầm non Phố Mới. Ngày 17 tháng 01 năm 1997 trường được đổi tên thành trường Mầm non Hoa Sen thuộc phường Phố Mới, thị xã Lào Cai. Đến tháng 3/2020 UBND tỉnh Lào Cai sáp nhập 2 phường Phố Mới và phường Lào Cai thành 01 phường và lấy tên là Phường Lào Cai và khi đó Trường mầm non Lào Cai trở thành điểm trường thuộc Trường mầm non Hoa Sen. Điểm trường chính có địa chỉ tại tổ 03, đường Lê Khôi, phường Lào Cai; Điểm trường lẻ có địa chỉ tại tổ 28 – đường Nậm Thi – phường Lào Cai.
   Ngày 19 tháng 5 năm 2004 nhà trường vinh dự được Bộ Trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo công nhận là trường đạt Chuẩn Quốc Gia giai đoạn 2002-2005 đầu tiên của tỉnh Lào Cai theo Quyết định số 2547/GD&ĐT. Ngày 11/6/2013, nhà trường vinh dự được UBND tỉnh Lào Cai công nhận là trường đạt Chuẩn Quốc Gia mức độ I theo Quyết định số 1420/QĐ-UBND. Ngày 25/12/2019 nhà trường vinh dự được Giám đốc Sở GD&ĐT tỉnh Lào Cai Chứng nhận là Trường đạt kiểm định chất lượng giáo dục Cấp độ 3.
   Các thế hệ lãnh đạo nhà trường qua các thời kì:
+ Từ năm 1988 đến năm 2007 giữ chức vụ Hiệu trưởng là đồng chí Nguyễn Thị Vũ
+ Từ tháng 9 năm 2007 đến tháng 8 năm 2015 giữ chức vụ Hiệu trưởng là đồng chí Trần Thị Sáu
+ Từ tháng 9 năm 2015 đến tháng 01 năm 2020 giữ chức vụ Hiệu trưởng là đồng chí Nguyễn Thị Vũ
+ Từ tháng 2 năm 2020 đến tháng 8 năm 2020 giữu chức vụ Quyền Hiệu trưởng là đồng chí Nguyễn Thị Thanh Hoà. Từ tháng 8 năm 2020 đến nay giữ chức vụ Hiệu trưởng là đồng chí Nguyễn Thị Thanh Hòa.
   Trải qua 19 năm xây dựng và trưởng thành, nhà trường luôn có bề dày thành tích và được phụ huynh, nhân dân trên địa bàn phường tin tưởng gửi gắm con em mình. Nhiều năm nhà trường đạt trường học văn hóa; Tập thể lao động tiên tiến, Tập thể LĐXS; Bằng khen của chủ tịch UBND tỉnh; Bằng khen của Bộ Trưởng Bộ GD&ĐT; nhiều nhà giáo đạt danh hiệu Lao động tiên tiến, Chiến sỹ thi đua cơ sở, Bằng khen của Chủ tich UBND tỉnh; Đội ngũ giáo viên năng động, sáng tạo, nhiệt huyết, tận tâm với nghề, là giáo viên dạy giỏi các các cấp. Các đoàn thể luôn hoàn thành xuất sắc các nhiệm vụ được giao.
   Những năm qua nhà trường luôn quyết tâm phấn đấu khắc phục mọi khó khăn để thực hiện tốt công tác chăm sóc, giáo dục trẻ và xây dựng cơ sở vật chất nhà trường ngày một khang trang đáp ứng với nhu cầu phát triển của xã hội. Mục tiêu chiến của nhà trường là khẳng định chất lượng trong chăm sóc-giáo dục trẻ mầm non; Duy trì và nâng cao các tiêu chí Kiểm định chất lượng cấp độ 3 và trường đạt Chuẩn Quốc gia mức độ 2. Tạo nên một thế hệ trẻ mầm non luôn có niềm đam mê trong học tập,cởi mở, tự tin, chủ động, sáng tạo, giàu lòng yêu thương và nhân ái.